根据《中华人民共和国传染病防治法》第二十二条：被伤寒和副伤寒、细菌性痢疾、脊髓灰质炎、病毒性肝炎病原体污染的水、物品、粪便，有关单位和个人应当按照下列要求进行处理：
①被污染的饮用水，应当进行严格消毒处理；
②污水经消毒处理后排放；
③被污染的物品，应当进行严格消毒处理或者焚烧处理；
④粪便消毒处理达到无害化。故选C。

医疗机构发现乙类或者丙类传染病患者，应当根据病情采取必要的治疗和控制传播措施。流行性出血热（乙类传染病）有较强的传染性。任何单位和个人发现传染病患者后，按照行政管理区域，及时报告所在地县级疾病预防控制机构，再由县级疾病预防控制机构逐级上报，林某应向当地疾病控制机构报告，并立即将患者转诊至有隔离条件的市传染病医院，故选D。

伤寒和副伤寒以外的感染性腹泻病属于丙类传染病。

根据《中华人民共和国传染病防治法》第四十六条：患甲类传染病、炭疽死亡的，应当将尸体立即进行卫生处理，就近火化。患其他传染病死亡的，必要时，应当将尸体进行卫生处理后火化或者按照规定深埋。为了查找传染病病因，医疗机构在必要时可以按照国务院卫生行政部门的规定，对传染病患者尸体或者疑似传染病患者尸体进行解剖查验，并应当告知死者家属。故选E。