某码头工程的合同工期从1990年9月1日到1992年4月30日，在施工过程中，正遇上水运工程预算定额进行政策性调整，调整后的预算定额从1991年7月1日起执行。对此，承包人依据本工程合同文件特殊合同条件第四条中增加的条款，应该如何办理工程费用的有关问题？特殊合同条件第四条--合同范围，增加有下列条款：其中第三条规定“在合同执行期间，国家对机械台班费（包括劳务工资）和工资性津贴有政策性调整时，项目法人将根据本水运工程预算定额的变化，按发生的价差相应进行调整”；在第四条规定“由于定额改变，引起的价差调整范围为：新的机械台班费的工资性津贴，从公布之日起，以后进行的工程项目中所实际发生的机械台班费和工资性津贴，在此之前已经完工部分及已经发生的相应费用均不予调整”。