某公司承接了某锌业股份有限公司改扩建工程的施工任务，主要内容包括：火法系统、湿法系统、电解系统、尾吸系统、硫酸系统及以上系统配套的辅助系统的机电设备、非标准件的制作与安装、工艺、电器、汽水系统的安装调试。
问题： 该工程硫酸系统虽已试车合格，但未经竣工验收。由于市场变化，业主决定不经过竣工验收即投入使用，试问：该工程未经竣工验收投入使用，在保修期内若发生质量问题，施工单位是否应承担责任应如何处理