甲公司采购员持本公司介绍信到外地乙公司签定采购A商品3000套的供销合同，介绍信注明有效期为1999年5月7日至6月7日。1999年5月18日采购员与乙公司签定合同内容如下：
1.乙公司于1999年6月20日前一次向甲公司供应A商品3000套，每套价格1900元，货到并验收后10日内1次付清货款。
2.以甲公司子弟小学教学楼作为抵押。
3.任何一方违约均按总标的10%支付违约金。该合同签定前已盖有甲公司的合同专用章。采购员代签甲公司法人代表的名称，乙公司加盖公司章并有法人代表签名。 6月19日乙公司将全部货物一次运到甲公司。甲方法人代表以采购员骗取介绍信和空白合同属无效代理为由，只同意收取2000商品，并通知财务科开出银行汇票付款，乙公司坚持要求甲公司应查收全部货物并以现金付讫全部货款。
该合同纠纷依法应如何处理？